Els objectius que l'han d'ajudar a tirar endavant aquests propòsits giren entorn de les àrees de conservació, recerca, difusió i interpretació del mateix Museu: Garantir la conservació, la protecció i la salvaguarda de les col·leccions que integren el fons del Museu i del patrimoni marítim i pesquer de la Costa Brava. Impulsar la recerca sobre el fet marítim i pesquer. Facilitar la consulta i l'estudi del fons. Plantejar un discurs expositiu, que a través del patrimoni marítim i pesquer, contribueixi a la sensibilització cap a la sostenibilitat. Donar les claus d'interpretació de la realitat, econòmica, social i cultural del sector marítim. Convertir-se en un lloc de diàleg entre la gent de mar i la resta de la societat. Accentuar lal vocació marítima de Palamós Ser un referent, un element clau de les comunitats de la costa gironina. Mostrar el nostre passat marítim Plantejar els problemes i els reptes que el sector ha d'afrontar.