L'octubre del 2013, l'aleshores president del Palamós, Miquel Aguilar, dimitia enmig d'un projecte econòmic fracassat amb rebaixes de sous als jugadors i la dimissió del director esportiu, Oriol Alsina. El club va anar a parar a les mans d'una junta gestora encapçalada per Joan Pau Pérez, qui pocs dies després seria escollit president del Palamós en una assemblea de socis. En aquestes sis temporades al capdavant del club, Joan Pau Pérez ha conviscut amb 7 tècnics: Jordi Guerrero, Alfons Garcia, Jordi Martínez, Joan Mármol, Vicenç Fernández, Pitu Batlle i Javi Salamero.

En el mandat de Joan Pau Pérez hi ha el descens de categoria de la temporada passada, l'intent fallit de fusió amb la UE Llagostera del curs 2016-17 o el triomf en les eleccions a la presidència del club de l'any 2015 superant al seu rival Toni Heras. El fi d'etapa de Joan Pau Pérez ha estat marcat per l'enrenou institucional al voltant d'unes eleccions polèmiques amb tres intents de moció de censura, una denúncia pel furt d'un ordinador, insults, pancartes i enganxines en contra de l'expresident, retrets i acusacions tant amb el grup opositor Junts pel degà com amb la junta gestora, una sèrie d'esdeveniments que el passat dimecres van desembocar amb l'anunci de Joan Pau Pérez de renunciar a participar a les eleccions. Tot i el pas enrere de Pérez, la troca pot continuar embolicada i la convivència s'entreveu difícil perquè ell i cinc membres del seu equip formen part de la Fundació Esportiva Palamós, entitat que gestiona el futbol base del club.