Les obres d'urbanització de la segona fase del Logis Empordà, al Far d'Empordà inclouen el trasplantament massiu de més de 570 oliveres existents; la plantació de més de 440 espècies autòctones d'arbres a les zones verdes per crear un encoixinat vegetal que separi la zona dels usos agrícoles que l'envolten i la incorporació d'arbustos per garantir la conservació de la biodiversitat. L'actuació prevista al projecte d'urbanització busca aconseguir un efecte pantalla verda respecte de les edificacions que s'hi estan aixecant –com la macroestructura del centre logístic d'Amazon- i "garantir" l'existència d'àrees permeables, que minimitzin els moviments de terres i la visibilitat de les edificacions.

Per això, s'està fent plantació d'arbrat tipus pollancres –que generen un efecte pantalla més ràpid- juntament amb àlbers, freixes i lledoners de creixement més lent amb un total de més de 440 arbres de nova plantació i uns 2.800 arbustos.

Paral·lelament, els nous usuaris que s'implantin a les diferents parcel•les hauran de plantar fileres de xiprers en les façanes del vial, que a més d'augmentar la biodiversitat, funcionaran com a tallavent. Un cop finalitzin les obres, CIMALSA posarà al mercat més de 328.000 m2 addicionals de sòl logístic urbanitzat. Això permetrà la implantació d'entre 12 i 15 empreses logístiques més; a part de les empreses ja instal·lades en la fase 1 o que s'hi instal•laran pròximament. Es preveu que aquestes noves empreses invertiran més de 185 MEUR i generaran uns 1.900 llocs de treball nous.