Fa 35 anys, el 10 de març de 1986, el Parlament de Catalunya va establir dues reserves naturals parcials a l'Albera com a mesura de protecció de la zona. Des de llavors, amb l'aprovació de la Llei 3/1986 i el Decret 10/1987 es va constituir i protegir el Paratge Natural d'Interès Nacional (PNIN) de l'Albera. Les dues reserves que es diferencien són, per la banda occidental, la Reserva Natural Parcial de la Capçalera de l'Orlina, de 384 ha, creada amb la finalitat de preservar-ne la flora, especialment la fageda, i, per la banda oriental, la Reserva Natural Parcial de la Vall de Sant Quirze, de 585 ha, per a la protecció de la tortuga mediterrània. Les dues reserves estan separades per la zona del conegut coll de Banyuls.
Els espais naturals de protecció especial de l'Albera ocupen una superficie total de 4.207 ha, de les quals 3.465 ha corresponen al Paratge pròpiament dit (i que inclou dues reserves naturals parcials) i 742 ha a la reserva annexa de Sant Quirze. Aquest Paratge està dins d'un espai de protecció natural més ampli, l'Albera, que està inclos, des de 2006, dins de Xarxa Natura 2000.
L'àmbit d'aquest nou espai protegit té una superfície de 16.302 ha i s'estén pels municipis de la Jonquera, Cantallops, Peralada, Mollet de Peralada, Sant Climent Sescebes, Espolla, Rabós, Vilamaniscle, Garriguella, Vilajuïga, Llançà, Colera i Portbou.
PNIN de l'Albera
El Paratge Natural d'Interès Nacional de l'Albera constitueix una unitat ecològica i paisatgística de gran qualitat on pot observar-se la transició entre les espècies pròpies de la serralada pirinenca i les més típicament mediterrànies; tot plegat inserit en una zona dominada per les roques metamòrfiques dels Pirineus, esquists i pissarres.
El sector occidental Requesens-Baussitges presenta les zones més humides i enlairades, amb una cobertura de bosc de gairebé el 100 % i amb una vegetació extraordinàriament variada amb suredes, alzinars, castanyedes, rouredes, fagedes i els prats alpins de la zona culminal. L'àrea de Requesens compren la capçalera del riu Anyet amb una esplèndida vegetació de ribera amb freixes, salzes i verns. La zona de Baussitges inclou l'alta vall del riu Orlina on persisteixen les poblacions de faig més orientals de la península.
El sector Sant Quirze de Colera-Balmeta està vertebrat al voltant de l'important monestir de Sant Quirze de Colera, vertadera joia de l'art romànic català. Constitueix ja una zona de característiques plenament mediterrànies, secularment castigada pels incendis forestals. La vegetació està dominada per escadusseres suredes, brolles i matollars. En aquest indret subsisteixen les darreres poblacions de tortuga mediterrània de la península ibèrica.
