La Fiscalia i l'Advocacia de l'Estat podrien optar per reclamar els diners de l'1-O a través del Tribunal de Comptes. Així ho indiquen les dues acusacions en els seus escrits. Actualment, cap d'elles ha optat per reclamar aquests diners per la via civil i, en canvi, sí acusen els encausats de malversació però per la via penal. Per tant, deixen oberta aquesta possibilitat. La llei estableix que un particular pot iniciar un procediment al Tribunal de Comptes presentant una denúncia (com és el cas del 9-N, originat per la denúncia de Societat Civil Catalana i Advocats Catalans per la Constitució) però també hi hauria la possibilitat que, de manera paral·lela al procediment penal al Suprem, el tribunal demanés que s'obrís una investigació al Tribunal de Comptes amb l'objectiu de recuperar els diners presumptament malversats.

Com que en aquest tipus de procediments al Tribunal de Comptes no és obligatori que els acusats hagin de ser presents al judici, si finalment s'opta per reclamar els «diners desviats» es podria dirigir l'acusació també contra Carles Puigdemont i la resta d'exconsellers a l'estranger. Fonts del Tribunal de Comptes confirmen, però, que encara no han rebut cap petició en aquest sentit. El passat mes d'octubre, el Tribunal de Comptes va jutjar Artur Mas, Francesc Homs, Joana Ortega i Irene Rigau pel 9-N i els reclama 5,2 milions de fons públics.