El Consell d'Estat rebutja que la reforma educativa pugui obligar les comunitats autònomes a pagar l'escola privada als pares que volen escolaritzar els seus fills en castellà, i per tant, que la Generalitat hagi de pagar un centre privat als alumnes que demanin l'escolarització en castellà. Per a l'òrgan, és un aspecte no s'hauria de recollir a la llei ja que afecta l'àmbit de decisió de les comunitats autònomes. A més, el Consell d'Estat també defensa el manteniment de l'assignatura d'Educació per a la Ciutadania i recomana fer-la obligatòria en algun moment. El dictamen del Consell d'Estat no és vinculant però el ministre d'Educació, José Ignacio Wert, l'ha d'estudiar abans d'aprovar la llei.
El Consell d'Estat rebutja que la LOMCE pugui incloure l'obligació que les administracions hagin de sufragar amb fons públics les despeses d'escolarització quan els pares o tutors decideixin escolaritzar els fills en centres privats que utilitzin el castellà com a llengua vehicular, perquè no existeixi aquesta oferta pública.
L'organisme estatal considera que incloure aquest punt afecta les competències de les comunitats autònomes amb llengua pròpia, com Catalunya, i defensa que les administracions educatives siguin les que decideixin quines mesures prendre per respondre a aquesta demanda, en el cas que no hi hagi mitjans o recursos per garantir la xarxa pública l'ús del castellà com a llengua vehicular. També ha alertat de les "dificultats tècnico-jurídiques" que podria comportar l'aplicació d'aquesta mesura.
A més, el Consell d'Estat també considera ''correcte'' que siguin les diferents administracions educatives les que decideixin quina és la ''proporció raonable'' en l'ús del castellà i de la llengua cooficial de la comunitat autònoma concreta. L'òrgan reconeix que és competència de les comunitats autònomes orientar el sistema educatiu cap a un ''model d'integració'' i cita l'exemple de Catalunya i Galícia, o d''ensenyament lingüístic diferenciat'' com és el cas del País Valencià i el País Basc.
El Consell d'Estat creu que les dues possibilitats respecten la Constitució, i reitera la competència de cada autonomia per triar un sistema d'escolarització, sense que la ''legislació bàsica de l'estat'' pugui ''frustrar'' l'elecció del model a seguir.
A més, afegeix que, en la mesura que la programació de les llengües en què s'imparteixen les diferents matèries ha de guiar-se per l'objectiu que tots els alumnes obtinguin els nivells competencials marcats, "són les autonomies les que estan en condicions de determinar on es produeixen els registres competencials més baixes i, per tant, on cal intensificar mesures de suport especial", un fet que "sens dubte produirà gran varietat de situacions entre comunitats autònomes i dins d'aquestes".
Educació per a la Ciutadania
En un dictamen de 185 pàgines, el Consell d'Estat també rebutja la decisió del Ministeri d'Educació de fer desaparèixer l'assignatura d'Educació per a la Ciutadania. L'organisme reclama que s'inclogui com a obligatòria "en algun moment" de l'ensenyament una assignatura relativa a la formació "ètico-cívica".
El Consell d'Estat recorda nombrosos acords i recomanacions europeus en aquest sentit i que "la majoria dels països europeus inclouen en els seus currículums educatius continguts de formació en ciutadania democràtica i drets humans".
A més, l'organisme considera que la reforma educativa planteja que els alumnes puguin optar entre l'assignatura de religió o una de sobre valors socials o ètics, de manera que es "discriminaria" els alumnes que "a l'elegir la primera no cursaran cap assignatura sobre valors socials i ètics al llarg de tota la seva formació".
Accés a la universitat
Un altre punt polèmica de la LOMCE és el canvi que es fa en l'accés a la universitat. El Consell d'Estat considera que "la preocupació mostrada pels òrgans de representació universitària respecte del nou sistema d'accés s'hauria de tenir en compte" per part del Ministeri. L'organisme creu que el sistema de nota d'admissió que hi havia fins ara "ha funcionat correctament i ha garantit la igualtat dels alumnes" en l'adjudicació de places universitàries. En canvi, avisa que amb la reforma s'introduirà "un element de discrecionalitat que podria perjudicar el tractament uniforme dels alumnes" amb la possibilitat que les universitats puguin utilitzar "determinats criteris addicionals".
