Malgrat que una gran part de la història de l'empresa s'ha perdut amb el pas del temps i per deixadesa dels primers propietaris, s'explica que, en uns terrenys de Vilajuïga hi havia un pou -del qual no se sap qui era el propietari-, i la gent del poble baixava per unes escales a buscar aigua, que deien que era molt bona perquè de seguida se li van atribuir propietats mineromedicinals.

La mina de l'aigua de Vilajuïga naixia -i neix-, al peu de la serra de la Verdera, que forma el massís del cap de Creus. La deu baixava -i encara baixa-, fins aquesta població, dins d'una finca. Veient que la gent cada vegada anava a buscar més aigua, un home del poble que tenia diners, en Ramon Margineda, va ajuntar sis famílies de dins i fora de la vila i va constituir una societat sota el nom d'«Aigües de Vilajuïga».

El 15 de juliol de 1904 va ser declarada «aigua d'utilitat mineromedicinal».

A partir de llavors, la societat va començar a comercialitzar el producte, que s'envasava en ampolla de vidre, i es distribuïa per Girona, Barcelona, Andorra i, un temps més tard, per gairebé tot Catalunya. Es venia a les farmàcies, ja que tenia un equilibri mineral molt particular i era, igual que ara, molt rica en calci i magnesi. Els anuncis de la premsa de fa un segle assenylaven que « es recomendable contra las enfermedades de pecho y estomágo y sin rival para enfermedades de la orina (diatesis úrica)».

Es va convertir en poc temps en tot un fenomen comercial i fins i tot impulsor d'un incipient turisme transnacional. L'èxit era exagerat. La gent de Vilajuïga i dels afores anava a l'empresa a buscar aigua, però només els en donaven quatre ampolles per persona. Les cròniques de l'época ja advertien que « muchas y muchas era las personas que, necesitando tomar las excelentes aguas medicinales de Vilajuiga, se veían imposibilitadas de residir en la localidad por lo dificil si no imposible de hallar casa o habitaciones en condiciones regulares, por lo cual se veían obligadas a situarse en Figueras y realizar todos los días la excursión a Vilajuiga», segons recollia el diario La Lucha i que aunicava l'obertura d'un establiment expressament per als visitants. També el Diario de Gerona de Avisos y Noticias recollia un anunci -en els mateixos termes que l'altre diari de la provincia- del Gran Hotel Central propietat de Sebastián Laporta.

L'empresari assegurava que el seu establiment, que s'inaugurava el 15 de juny de 1908, estava muntat al nivell dels millors hotels d'Espanya i l'estranger. Oferia fins i tot un servei de cotxe fins a l'estació, on connectava amb la línia que anava a França. Per fer-se'n una idea cal tenir en compte que aquell 1908 tot just a Figueres, capital de la comarca, començaven a veure's els primers cotxes particulars de propietaris benestants.

En les dues següents dècades, la població creixeria fins al punt que el 1920 està documentat que Vilajuïga tenia 924 habitants. Posteriorment, amb la República i la Guerra Civil va perdre molts dels seus habitants. La xifra d'habitants no es tornaria a assolir fins a l'any 2000, gairebé un segle després.

La importància comercial era indubtable. Les ampolles d'aigua es portaven fins a Barcelona a través del port de Roses, en un vaixell de càrrega que es deia L'Empordanès. Ja en els anys 1927 i 1928 l'aigua de Vilajuïga s'exportava també a Buenos Aires, a l'Argentina. El 1929 l'empresa canvia de societat i la presideix Martí Badosa com a accionista majoritari. No canvia res i tota la feina se segueix fent igual que en els primers temps.

Durant la Guerra Civil no va parar la producció i l'empresa va passar a mans d'un comitè que gairebé la porta a la ruïna. A la postguerra, l'any 1942, compraven vagons sencers d'ampolles de vidre, les omplien d'aigua i les tornaven a la seva destinació, sobretot Barcelona, la Corunya i Madrid.

Cada ampolla d'aigua s'embolicava amb palla i es posava en caixes. Les caixes que contenien les ampolles es feien a la mateixa fàbrica, es carregaven en un carro i es portaven als vagons del ferrocarril a l'estació. Cada caixa portava 25 ampolles, cada carro 25 caixes i cada vagó 250 caixes. Tot s'havia de carregar i descarregar a mà.

Les ampolles es netejaven en un gran safareig i amb un raspall. Es posaven etiquetes noves i es tapaven, al principi, amb taps de suro, però després van venir els discos metàl·lics.

L'any 1980 es va estrenar les màquines automàtiques per netejar, omplir, tapar i encaixar.

L'aigua de Vilajuïga era molt coneguda arreu. Abans es podien trobar en els vagons restaurant dels millors trens d'Europa, com comenta Josep Pla en el seu llibre Viatge a la Catalunya vella. Per al municipi de Vilajuïga avui encara té molt valor. Després de l'anunci del tancament de l'empresa, l'alcaldessa, Joana Cobo, confia que es puguin mantenir els llocs de treball si alguna empresa s'interessa per la planta embotelladora. Si no és així, s'haurà posat fi a una història de més d'un centenar d'anys.